Las capas son como hojas de acetato transparente apiladas. Las capas ayudan a organizar las ilustraciones de los documentos. Los objetos de una capa pueden dibujarse y editarse sin que afecten a objetos de otras capas. Cuando una capa está vacía, las capas situadas debajo pueden verse a través de ésta.
Para dibujar, pintar o modificar una capa o una carpeta, primero se debe seleccionar para activarla. Un icono con forma de lápiz junto a una capa o carpeta indica que la capa o carpeta está activa. Sólo puede haber una capa activa en cada momento (aunque se pueda seleccionar más de una capa a la vez).
Inicialmente, un documento de Flash contiene una sola capa. Puede añadir más capas para organizar las ilustraciones, la animación y los demás elementos del documento. El número de capas que pueden crearse sólo está limitado por la memoria del equipo. Las capas no aumentan el tamaño del archivo SWF publicado.
Puede ocultar, bloquear o reordenar capas utilizando los iconos correspondientes.
También puede organizar y administrar capas creando carpetas de capas y colocando las capas en ellas. Puede expandir o contraer las capas en la línea de tiempo sin que ello afecte a lo que se muestra en el escenario. Es aconsejable utilizar capas o carpetas distintas para archivos de sonido, acciones, etiquetas y comentarios de fotograma. De este modo encontrará estos elementos con mayor facilidad cuando tenga que editarlos.
Además, las Capas de Guías pueden utilizarse para facilitar el dibujo y la edición, y las Capas de Máscara para facilitar la creación de efectos sofisticados.