Requiere de una instrumentación relativamente simple: una fuente de alto voltaje, un capilar cuyos extremos se encuentran sumergidos, junto con dos electrodos, en dos viales que contienen una solución amortiguadora, un detector y un sistema de adquisición de datos. La fuente de voltaje normalmente es capaz de proporcionar de 10-30 kV. El capilar posee una longitud entre 50 cm y 1m y posee un diámetro interno muy reducido (menor a 100 mm), que facilita la disipación del calor generado por la resistencia eléctrica del electrolito dentro del capilar. Los extremos del capilar están colocados en dos recipientes que contienen una solución del electrolito, el mismo con el que se ha llenado el capilar. Los volúmenes de muestra a analizar son extraordinariamente pequeños (de 0,1 a 10 nl).

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